1. Оборудование для хранения материала и проб, решения общих задач при выполнении научного исследования, оборудование для пробоподготовки:
1.1. Низкотемпературные морозильники и лабораторные холодильники различных объемов для долговременного хранения биоматериала, испытательных образцов, реактивов и растворов, такие как низкотемпературный вертикальный морозильник MDF-U3386Sб Panasonic (Sanyo), Japan (333 л, -50оС…-86оС), DW-86L338 Haier, Japan (388 л, -40оС…-86оС), компактный низкотемпературный морозильник Eppendorf CryoCube F101h Eppendorf, UK (101 л, -50оС…-86оС), высокопроизводительная холодильная камера для хроматографической установки Forma FRCR2304V Thermo Scientific, USA (659 л, +1оС…+8оС), лабораторные холодильники Forma FRGL3004V Thermo Scientific, USA (826 л, +1оС…+8оС) и Liebherr LKPV 8420 Liebherr, Germany (856 л, -2оС…+16оС).
В лаборатории имеется льдогенератор Brema GB 902W (BREMA, Italy). Этот льдогенератор используется в химической и фармакологической отрасли для получения граннулированного льда, применяемого для охлаждения биологических образцов в процессе работы с ними. Оснащен датчиком-блокиратором наполняемости емкости – остановка производства при полном бункере, запуск после удаления части льда. В лаборатории используется в исследованиях по разделению сложных белковых смесей и изучению свойств и функций пептидов, белков, ферментов и изоферментов
1.2. Весы лабораторные:
в зависимости от задач используются весы различной дискретности – ультрамикровесы, микровесы, аналитические, прецизионные и технические ведущих производителей (A&D, Japan; Ohaus, Japan; Shinko, Japan). Например, высокоточные аналитические весы Ohaus AX224 (220g/0.0001g), Ohaus EX125 (120 g/0.01g), A&D GR-200 (210g/0.01g).
1.3. Гомогенизаторы:
- Компактная шаровая мельница Qiagen Tissue Lyser LT (Oiagen, Germany) с возможностью гомогенизации до 12 биологических образцов (ткани и клетки человека и животных, растительные ткани, клетки бактерий и дрожжей) в микропробирках объемом 2 мл. Гомогенизированные образцы пригодны для выделения биомолекул, в том числе ДНК, РНК и белков.
Гомогенизатор лабораторный TissueLyser LT применяется для гомогенизации различных биологических образцов с целью пробоподготовки для последующих академических, фармацевтических, биотехнологических или биомедицинских исследований.
- Гомогенизатор OV5 (Velp, Italy) для диспергирования, гомогенизации и смешивания биологического материала (клеток, растетельных и животных тканей) с различными сменными насадками, обеспечивающее измельчение различного материала в необходимых объемах.
- Гомогенизатор Digital Disruptor Genie (Scientific Industries, Inc., USA) применяется для гомогенизации различных биологических образцов на стадии пробоподготовки для последующих биохимических исследований.
1.4. Мешалки магнитные, такие как:
- Мешалка магнитная с подогревом Мs+MSH-300 (BioSan, Latvia) с температурой нагрева рабочей платформы от 30 до 330оС
- Мешалка магнитная RT 5, 5-местная, с нагревом, IKA (IKA, Germany) с температурой нагрева рабочей платформы от 50 до 120оС
- Мешалка магнитная MR Hei-Tec (Heidolph, Germany) с температурой нагрева рабочей платформы от 20 до 300оС
1.5. Центрифуги, такие как:
- Центрифуга Allegra 64R Centrifuge (Beckman Coulter, USA)
Allegra 64R – настольная центрифуга, специально разработанная для высокоскоростного разделения, способна обеспечить производительность, характерную для напольных центрифуг, превышающих ее по размеру в несколько раз. Обеспечивая ускорение 64 400 x g (30 000 rpm), Allegra 64R идеально подходит для фракционирования субклеточных элементов, выделения и очистки белков, вирусов и экстракции фаз.
- Ультрацентрифуга с набором роторов Optima Beckman LE 80 (Beckman Coulter, USA)
В основном ультрацентрифуги применяются для разделения и выделения белков, липопротеинов, плазмид ДНК, РНК, субклеточных органелл и вирусов. Скорость центрифугирования у напольных ультрацентрифуг OPTIMA достигает 100000 об/мин и при этом создаётся усилие в 802400 g. Серия напольных ультрацентрифуг OPTIMA имеет широкий спектр роторов, в том числе новые роторы NVT 100 и Type 100 Ti, что позволяет решать различные задачи в кратчайшие сроки. Для каждого ротора имеется широкий выбор центрифужных пробирок и стаканов, объем которых варьируется от 1,5 до 250 мл. Во всех центрифугах используется индукционный двигатель. Все центрифуги имеют термоэлектрическую систему охлаждения без фреона - безопасную для окружающей среды. В ультрацентрифуге предусмотрен предварительный нагрев или охлаждение камеры, а также экономичный "спящий" режим. Встроенный микропроцессор позволяет быстро проводить основные расчеты и конвертации величин. Центрифуга имеет программу позволяющую оптимизировать разделение в градиенте. Есть встроенная система диагностики и безопасности.
- Центрифуга с охлаждением на 24 места Eppendorf Centrifuge 5415R (Eppendorf, USA)
Универсальная микроцентрифуга - небольшая компактная модель, идеально подходящая для всех стандартный операций и удобная в обращении. Центрифуга 5415R — самая малая из всех центрифуг с охлаждением на рынке. Она работает очень тихо, компактная система охлаждения с функцией быстрого охлаждения «Fast-Cool» охлаждает камеру всего за 16 минут до 4 °C (заданная температура). Охлаждение в резервном режиме поддерживает температуру в центрифуге даже при перерывах в работе.
Она имеет удобные ручки настройки и цифровой дисплей для индикации времени, скорости и температуры. Индикация, по желанию, в об/мин или ОЦУ. Это устраняет громоздкие пересчеты, экономит время и улучшает воспроизводимость результатов. Отдельная клавиша «Short-Spin» с регулируемыми оборотами позволяет центрифугировать легко и быстро. На таймере можно задать время до 99 минут или режим непрерывной работы.
- Центрифуга Rotina 35R (Hettich, Germany)
Предназначена для выполнения любой задачи, встречающейся на практике в лаборатории. Отличается плавным и бесшумным ходом, стабильностью и безопасностью. Характеризуется автоматическим распознованием типа ротора, автоматическим запиранием и фиксацией крышки во время работы ротора, имеет автоматический выключатель центрифуги при несбалансированной загрузке, рабочая камера из нержавеющей стали, крышка с внутренним покрытием из нержавеющей стали и дополнительная стальная защита рабочей камеры. Технические стандарты Hettich: большая вместимость при небольшом размере, исключительно короткое время разгона и торможения, высочайшее постоянство температуры (номинальный диапазон от -20 до +49).
- Центрифуги Liston C2201 (Liston, Россия)
Низкоскоростная настольная центрифуга для применения в медицинских, биологических, химических и других лабораториях; используется на этапах качественного и количественного анализа липидов в пробе. В комплекте с ротором на 12 мест.
- Центрифуга СМ-50М (ELMI ltd, Latvia)
Настольная центрифуга, два вида роторов для 12 пробирок объемом 1.5 - 2 мл, автоматическое распознавание роторов, максимальная центробежная сила 15 294 g (15 000 об/мин), режим «вортекс», шесть режимов встряхивания.
1.6. Роторные испарители, следующие модели:
- Лабораторный ротационный испаритель Hei-VAP Advantage МL/G3 (Heidolph, Germany)
- Лабораторный ротационный испаритель Hei-VAP Core МL/G3 (Heidolph, Germany)
- Роторный испаритель RE 52AA (ООО Шеньси НЕВ, China)
Методики: роторные испарители используются для проведения экстракции общих липидов из биологических образцов.
1.7. Термостаты:
- Твердотельный термостат с функцией охлаждения и нагрева CH-100/CH2 (BioSan, Latvia)
Необходим для инкубации реакционных смесей при заданной условиями эксперимента температуре для протекания гидролиза субстратов исследуемыми протеолитическими ферментами. Технические характеристики данного прибора: габариты (190×225×115 мм), вместимость (12 пробирок×1.5 мл), комбинация двух популярных инструментов (нагревающего dry-блока и охлаждающего термостата), быстрая смена режимов охлаждения и нагрева позволяют проводить ферментативные реакции в широком диапазоне температур (-10оС... +100оС). Протеолитические ферменты в грубых белковых экстрактах весьма чувствительны к действию других протеаз и автолитическому расщеплению, поэтому на этапе последовательного создания реакционной смеси необходим режим охлаждения (-1оС... +4оС), а для собственно инкубации для протекания гидролитической реакции – режим нагрева. Исследование кинетики ферментативных реакций требует определения оптимальной температуры протекания реакции, что возможно только при строгом соблюдении точности поддержания температуры, обеспечиваемой данным прибором (±0.5оС в диапазоне от 0оС до +40оC; ±0.2оС в диапазоне от +40оС до +80оС).
- Термостат «Термит» (ДНК-Технология, Россия)
Термостат «Термит» представляет собой твердотельный термостат для научных и клинико-диагностических исследований. Рассчитан на использование пробирок типа Эппендорф объемом 0.5 и 1.5 мл.
1.8. Водяные бани:
- Водяная баня ПЗ-4310 (Экрос, Россия)
Обеспечивает поддержание заданной температуры водяной среды. Применяется для нагрева и термостатирования колб, пробирок, стаканов и другой лабораторной посуды. Также предназначена для нагревания, выпаривания, высушивания, экстракции и других операций термической обработки проб.
1.9. Лиофильные сушилки:
- Лиофильная сушилка FreeZone (Labconco, USA)
Напольная лиофильная сушка FreeZone 6L предназначена для обезвоживания предварительно замороженных биологических объектов (тканей, белков, нуклеиновых кислот, вакцин и пр.) в условиях низких температур и вакуума с целью их длительного хранения. Полезная нагрузка варьируется от средних до больших объемов образца, также возможна загрузка большого количества небольших флаконов.
1.10. Шейкеры:
- Шейкер для пробирок типа эппендорф, микропробирок и колб Reax control (Heidolph, Germany)
1.11. Дистилляторы и системы очистки виды:
Различные электрические аквадистилляторы и бидистилляторы российского и зарубежного производства (Liston, Россия; GFL, Germany) различных объемов.
Системы очистки воды Simplisity (Millipore, France) для приготовления элюентов для ВЭЖХ, ГХ, растворов для ПЦР-анализа, буферов для биохимического анализа, электрофореза.
1.12. Лабораторные посудомоечные машины:
- Лабораторная посудомоечная машина Labconco Flask Scrubber Vantage Glassware Washer (Labconco, USA)
Лабораторная посудомоечная машина FlaskScrubber (LABCONCO, USA) преимущественно предназначена для мойки и сушки лабораторной посуды с узкими горлышками (напр., круглодонных или мерных колб), что важно для мытья стеклянной посуды после анализа липидов. Кроме того, имеются необходимые аксессуары для мытья посуды самой разной формы и назначения.
Качество очистки лабораторной посуды с применением посудомоечных машин Labconco подтверждено в ходе исследований. На основе результатов анализа содержания остатков EPA, был сделала однозначный вывод о пригодности моечной машины FlaskScrubber для мытья и повторного использования стеклянной посуды, используемой для работы с металлами, летучими и полу-летучими органическими соединениями.
1.13. Бесконтактное исследование объектов в инфракрасном режиме:
- Тепловизор CEM DT-870 (CEM, Россия)
Температурный диапазон измерений от – 20 до + 380°С; рабочая температура от – 10 до + 45°С. Тепловизор можно использовать при влажности воздуха до 80%.
1.14. pH-метры:
- рН-метр Hanna HI 2211 (HANNA Instruments, Germany)
Точный pH–метр, предназначен для измерения рН в жидких средах, для регулирования рН буферных растворов, применяемых в биохимических исследованиях. Разрешение pH 0.01; разрешение милливольт — 0.1 в диапазоне до ±400 и 1 в диапазоне до ±2000; калибровка по 2 точкам из 5 внесенных в память, имеет два отдельных входа для подключения рН электрода через разъём BNC и для подключения датчика температурной компенсации на основе термистора.
- рH-метр/иономер S8-Field kit Seven2Go,в комплекте с электродом и кейсом для переноски (METTLER TOLEDO, Switzerland)
Компактный рН-метр, предназначен для измерения рН в жидких средах, для регулирования рН буферных растворов, применяемых в биохимических исследованиях, легко транспортируется, защищен от непогоды, устойчив к ударам, что делает возможным его использование в полевых условиях, точность pH (±) 0.002, емкость памяти - 2000 измерений.
2. Оборудование для разделения сложных белковых смесей и изучения свойств и функций пептидов, белков, ферментов и изоферментов.
2.1. Планшетный монохроматорный флуориметр люминометр спектрофотометр CLARIOstar (BMG LABTECH, Germany).
Мультимодальный ридер CLARIOstar® в отличие от ридеров, оснащенных классическими монохроматорами, позволяет изменять ширину щели пропускания от 8 до 100 нм, что значительно увеличивает его чувствительность. Наличие встроенной в программное обеспечение библиотеки флуорофоров значительно упрощает рабочий процесс. Ридер оснащен специализированным LVF монохроматором, высокочувствительными фильтрами и ультрабыстрым спектрометром. Может работать с восемью типами измерения: Интенсивность флуоресценции (FI), Резонансный перенос энергии флуоресценции (FRET), Поляризация флуоресценции (FP), AlphaScreen®/ AlphaLISA® (AS/AL), Люминесценция (быстрая и затухающая) (LUM), Резонансный перенос энергии биолюминесценции (BRET), Флуоресценция с разрешением по времени – включая резонансный перенос энергии флуоресценции с разрешением по времени (TRF/TR-FRET) и УФ/вид абсорбция (ABS).
Технические характеристики: Интенсивность флуоресценции (FI и FRET) с применением двойного LVF монохроматора (чтение сверху). Получение спектров возбуждения и испускания флуоресценции. Диапазон длин волн возбуждения и испускания флуоресценции с применением монохроматора: от 320 до 730 нм. Шаг сканирования возбуждения и испускания флуоресценции от 0,1 до 10 нм. Диапазон ширины щели пропускания для возбуждения и испускания флуоресценции от 8 до 100 нм. Диапазон длин волн возбуждения и испускания флуоресценции с применением фильтров: от 240 до 740 нм. Измерение в режимах конечной точки, кинетики и сканирования лунки. Инкубация планшета до 45°C. Чтение в 6-, 12-, 24-, 48- 96- и 384-луночных планшетах. Источник света: импульсная ксеноновая лампа высокой энергии. Оптика для чтения сверху с возможностью фокусировки по оси Z (с шагом 0.1 мм). Линейное, орбитальное и двойное орбитальное перемешивание с задаваемыми пользователем скоростью и временем.
Многопользовательское программное обеспечение для управления прибором (Reader Control Software) и многопользовательское программное обеспечение для обработки результатов (MARS Data Analysis Software). ПО удовлетворяет требованиям FDA 21 CFR часть 1.1
С помощью ридера в лаборатории проводятся исследования ряда биохимических показателей:
- Определение активности протеолитических ферментов (кальцийзависимых протеиназ семейства кальпаинов, протеасомы, катепсинов) методами спектрофотометрии и флюориметрии: определение активности протеасомы (EC 3.4.99.46) по гидролизу флуорогенного пептида по Rodgers K.J., Dean R.T. (2003); определение активности кальпаинов (ЕС 3.4.22.53) по гидролизу флуорогенного пептида N-succinyl-Leu-Leu-Val-Tyr-AMC по Edelstein C.L. (2002); определение активности цистеиновой протеиназы, катепсина В (EC 3.4.22.1), и аспартатной, катепсина D (EC 3.4.23.5) (Matsuda, 1974; Barrett, 1977).
- Определение концентраций важнейших компонентов ферментного комплекса антиоксидантной защиты: определение активности глутатион S-трансферазы (GST, ЕС 2.5.1.18) и ее изоферментов спектрометрическим методом (Habig et al., 1974); определение концентрации восстановленного глутатиона (GSH) флюорометрическим методом (Сohn, Lyle, 1966; Hissin, Hilf, 1976 с модификациями); определение активности супероксиддисмутазы (SOD, EC 1.15.1.1); определение активности каталазы (CAT, EC 1.11.1.6) согласно Beers and Sizer (1952) с модификациями; определение активности гваякол-зависимой пероксидазы (GPx, EC 1.11.1.7) по методу Chance and Maehly (1955) с модификациями; определение активности этоксирезоруфин-о-диэтилазы (EROD, EC 1.14.14.1) флюориметрическим методом (Burke, Mayer, 1974).
- Определение активности ферментов энергетического и углеводного обмена: определение активности цитохром с оксидазы (СОХ, EC 1.9.3.1) спектрофотометрическим методом по Smit L. (1955); определение активности альдолазы (EC 4.1.2.13) спектрофотометрическим методом по Колб В.Г., Камышников В.С. (1976); определение активности ферментов – лактатдегидрогеназы (LDH, EC 1.1.1.27), малатдегидрогеназы (MDH, EC 1.1.1.37), 1-глицерофосфатдегидрогеназы (1-GPDH, EC 1.1.1.8) и глюкозо-6-фосфатдегидрогеназы (G-6-PDH, EC 1.1.1.49) спектрофотометрическим методом по Кочетову Г.А. (1980).
- Определение активности ферментов лизосом: определение активности кислой α-глюкозидазы (EC 3.2.1.20), β-глюкозидазы (EC 3.2.1.21), β-галактозидазы (EC 3.2.1.23), β-глюкуронидазы (EC 3.2.1.31), кислой фосфатазы (EC 3.1.3.2) спектрофотометрическим методом по Баррету А. Дж., Хиту Ф. М. (1980); определение активности β-глюкозидазы (EC 3.2.1.21) спектрофотометрическим методом по Покровскому А.А., Кравченко Л.В., Тутельяну А.В. (1971); определение активности кислых нуклеаз: РНКазы (EC 3.1.4.23) спектрофотометрическим методом по Левицкому и др. (1973), определение активности ДНКазы (EC 3.1.4.6) спектрофотометрическим методом по Покровскому А.А., Арчакову А.И. (1968).
Некоторые публикации:
1. Churova M., Shulgina N., Kuritsyn A., Krupnova M., Nemova N. Muscle-specific gene expression and metabolic enzyme activities in Atlantic salmon Salmo salar L. fry reared under different photoperiod regimes // Comparative Biochemistry and Physiology Part B: Biochemistry and Molecular Biology. 2019. P. 110330. doi: 10.1016/j.cbpb.2019.110330
2. Nemova N.N., Kaivarainen E.I., Krupnova M.Yu., Veselov A.E., Murzina S.A., Pavlov D.S. Intracellular proteolysis in Atlantic salmon Salmo salar fingerlings (0+) from different biotopes in an Arctic river (Varzuga River, White Sea Basin) // Polar Record. 2017. P. 153-159.
3. Lysenko L.A., Sukhovskaya I.V., Borvinskaya E.V., Krupnova M.Y., Kantserova N.P., Bakhmet I.N., Nemova N.N. Detoxification and protein quality control markers in Mytilus edulis (Linnaeus) exposed to crude oil: salinity-induced modulation // Estuarine, Coastal And Shelf Science 167. 2015. P. 220-227
4. N.N. Fokina, L.A. Lysenko, I.V. Sukhovskaya, E.A. Vdovichenko, E.V. Borvinskaya, N.P. Kantserova, M.Yu. Krupnova, T.R. Ruokolainen, L.P. Smirnov, R.U. Vysotskaya, I.N. Bakhmet, and N.N. Nemova Biochemical Response of Blue Mussels Mytilus edulis L. from the White Sea to Rapid Changes in Ambient Temperature // Journal of evolutionary biochemistry and physiology. 2015. Vol. 51. N 5. pp. 378—387.
Также в лаборатории имеются следующие спектрофотометры:
- Спектрофотометр СФ-2000 с программным управлением (ЗАО "ОКБ Спектр", Россия), а также СФ-26 и СФ-46 (ЛОМО, Россия).
Прибор СФ-2000 предназначен для определения концентраций и получения спектральных характеристик различных соединений. Прибор работает с персональным компьютером, оснащенным специальным программным обеспечением, позволяющим отслеживать весь диапазон поглощения от УФ до видимой области спектра и проводить математическую обработку, полученных данных, строить кинетические кривые, полученные в результате фотометрического измерения, вычислять концентрации на основе метода градуировочного графика.
- Спектрофлюориметр СМ 2203 (ЗАО «Спектроскопия, оптика и лазеры – авангардные разработки», Беларусь).
Оборудование для проведения ферментного анализа.
С помощью СФ-2000 проводят:
- Определение содержания показателей перекисного окисления липидов: определение содержания малонового диальдегида (Гаврилов, 1987); определение содержания диеновых конъюгатов и диенкетонов (Стальная, 1997).
- Определение активности транспортных аденозинтрифосфатаз (обмен электролитов): определение активности Na+/K+-АТФазы (EC 7.2.2.13) по Елаеву Н.Р. (1974).
Некоторые публикации:
1. Vysotskaya R.U., Tkach N.P., Kalinkina N.M. The influence of sodium lignosulfonate on the lipid composition in the invasive amphipod Gmelinoides fasciatus Stebbing of lake Onego // Inland Water Biology. 2019. Vol. 12. N 2. P. 240–247.
2. Васильева О.Б. Липиды тканей рыб из акваторий Онежского озера с разной степенью антропогенного загрязнения / О.Б. Васильева, М.А. Назарова, Н.В. Ильмаст, Н.Н. Немова // Труды Карельского научного центра РАН. Серия Экспериментальная биология. № 6. 2018. С. 95-102.
2.2. Комплексная система оптимизации вестерн-блоттинга V3 Western Workflow (Bio-Rad, USA), включающая:
- Камеру для вертикального электрофореза Mini-PROTEAN® Tetra
Мини-камера для вертикального электрофореза с возможностью постановки от 1-ого до 4-х гелей одновременно, размер стекол 10,0 х 8,3 см
- Систему быстрого блоттинга Trans-Blot Turbo
высокопроизводительная система полусухого переноса, позволяющая проводить быстрый и высокоэффективный перенос белков с геля на мембрану. Эффективное комбинирование электроблоттинга и «полусухого» переноса позволяет переносить белки с молекулярной массой до 400 кДа. Система оснащена удобным ЖК-дисплеем с подсветкой и простой клавишной панелью управления.
Быстрый перенос: от 3-х до 7 минут для гелей любого размера;
Высокая производительность: система состоит из двух кассет с независимым управлением, что позволяет запускать два разных протокола и проводить перенос до 4-х гелей одновременно;
Высокая эффективность по сравнению с альтернативными методами переноса;
Гибкая настройка: помимо базовых протоколов переноса для белков с разной молекулярной массой возможна настройка до 25 индивидуальных пользовательских протоколов;
Возможность использования как со стандартными расходными материалами для «полусухого» переноса (мембраны, бумага, буферы), так и с готовыми гелями и наборами.
- Систему гель-документирования ChemiDoc
Анализ агарозных гелей (бромистый этидий, SYPRO Ruby, Oriole, SYBR);
Колориметрический анализ полиакриламидных гелей (Кумасси, окрашивание серебром, медью, цинком – опционально);
Детектирование результатов 2D-фореза;
Мультиплексная флуоресценция (до 3-х каналов);
Хемилюминесценция на уровне фотопленки;
Документирование гелей Stain-Free по безокрасочной технологии.
В лаборатории используется: Вестерн-блоттинг для количественной оценки содержания белков, разделение белков по Леммли, определение активности протеиназ методом нативного электрофореза (зимографии).
2.3. Оборудование для электрофореза:
Для проведения вертикального электрофореза в лаборатории имеются электрофоретические камеры Mini-Protean 3 Cell (Bio-Rad, USA) в комплекте с источником переменного/постоянного тока 220/240 В и универсальной системы для горизонтального электрофореза и изолектрофокусированием (GE HealthCare, Sweden), включающая блок для горизонтального электрофореза Multiphor; блок питания EPS 3501 XL; систему предварительного охлаждения MultiTemp III; систему для сушки гелей Hoefer Slab Gel Dryer 2000; автоматическую систему окрашивания гелей Hoefer Processor Plus; систему для сканирования гелей Image Quant 300; вакуумный насос VP 200.
Электрофоретические камеры используется в биохимических исследованиях для разделения сложных белковых смесей согласно разнице их электрофоретической подвижности для идентификации белковых фракций, определения чистоты фракций тканевых белков, является необходимым этапом процесса выделения и очистки биологических макромолекул. Технические характеристики данного прибора (комплектность, толщина гелевой пластинки, количество полос, скорость протекания фореза) позволяют за короткое время оценить результаты очистки белков, идентифицировать белковые фракции и изучить некоторые свойства исследуемых веществ.
Некоторые публикации:
1. Viacheslav V. Krylov, Nadezhda P. Kantserova, Lyudmila A. Lysenko, Elena A. Osipova. A simulated geomagnetic storm unsynchronizes with diurnal geomagnetic variation affecting calpain activity in roach and great pond snail. International Journal of Biometeorology. 2019. https://doi.org/10.1007/s00484-018-01657-y
2. Канцерова Н.П., Крылов В.В., Лысенко Л.А., Немова Н.Н. Влияние геомагнитной бури на кальцийзависимые протеиназы семейства кальпаинов некоторых видов беспозвоночных и рыб. Биоорганическая химия. 2018. Т. 44. № 1. С. 71-77.
3. Канцерова Н.П., Лысенко Л.А., Немова Н.Н. Белковая деградация в скелетных мышцах пестряток и смолтов атлантического лосося Salmo salar L. // Известия РАН. Сер. биологическая. 2017. № 1. С. 63-68.
4. Kantserova N.P., Lysenko L.A., Veselov A.E., Nemova N.N. Protein degradation systems in the skeletal muscles of parr and smolt Atlantic salmon Salmo salar L. and brown trout Salmo trutta L. Fish Physiology and Biochemistry. 2017. Vol. 43. No. 4. P. 1187-1194.
5. L.A. Lysenko, N.P. Kantserova, E.I. Kaivarainen, M.Yu. Krupnova, N.N. Nemova. Skeletal muscle protease activities in the early growth and development of wild Atlantic salmon (Salmo salar L.). Comparative Biochemistry and Physiology, Part B. 2017. Vol. 211С. P. 22-28.
2.4. Жидкостной хроматограф низкого давления АКТА PRIME PLUS (АКТА PRIME PLUS, Germany)
Стандартный набор оборудования фирмы LKB (Швеция), который состоит из колонки с адаптерами, буферного резервуара R16x250, перистатической помпы, коллектора фракций и УФ-детектора с самописцем. Система для проведения жидкостной хроматографии. Предназначена для очистки белков в лабораторных условиях всеми доступными методами. Отличается большой скоростью работы. Система компактна, проста в использовании, снабжена монитором, работающим в режиме реального времени, помпой и коллектором фракций. Есть возможность регулировать скорость элюции (max 50 мл/мин) и давление (до l МПа). Система снабжена программами, которые позволяют проводить специфические методы очистки белков: жидкостная хроматография низкого давления, ионообменная хроматография, аффинная хроматография; есть возможность задавать определенную величину рН и проводить измерения при определенных длинах волн в УФ части спектра.
В лаборатории используется для определения изоферментного состава глутатион-S-трансферазы методом аффинной хроматографией, SDS-электрофорезом, изоэлектрофокусированием
Некоторые публикации:
1. Борвинская Е.В., Немова Н.Н., Смирнов Л.П. Глутатион S-трансфераза из печени щуки: выделение и свойства // Доклады Академии наук РАН. Серия Биология. 2013. Т. 448. № 2. С. 236-238
2. Борвинская Е.В., Смирнов Л.П., Немова Н.Н. Глутатион S-трансфераза класса альфа из печени щуки // Биоорганическая химия. 2013. Т. 39. № 5. С. 1-7.
В данном разделе (п. 2) используется также следующее оборудование общего назначения:
- Центрифуга с охлаждением на 24 места Eppendorf Centrifuge 5415R (Eppendorf, USA);
- Ультрацентрифуга с набором роторов Optima Beckman LE 80 (Beckman Coulter, USA);
- Центрифуга Rotina 35R (Hettich, Germany);
- Центрифуга Allegra 64R Centrifuge (BeckmanCoulter, USA);
- Гомогенизатор Qiagen Tissue Lyser LT (Oiagen, Germany);
- Термостат «Термит» (ДНК-Технология, Россия);
- Водяные бани.
3. Оборудование для тонкослойной, высокоэффективной тонкослойной, высокоэффективной жидкостной и газожидкостной хроматографии, предназначенное для анализа спектра липидов и состава жирных кислот:
3.1. Комплекс для высокоэффективной тонкослойной хроматографии (ВЭТСХ/HPTLC) CAMAG (CAMAG, Switzerland), включающий:
Последние современные разработки в области хроматографии, в частности для проведения высокоэффективной хроматографии липидов и жирных кислот образцов растительных и животных тканей сводятся к работе и гарантируются качественным, воспроизводимым результатом с применением настоящего комплекса.
ВЭТСХ с применением оборудования CAMAG AG широко находит применение в таких областях как: фармацевтика и фитофармацевтика (тесты на подлинность и чистоту, тесты на стабильность, обнаружение фальсификатов, др.), криминалистика (аналитическая токсикология, др.), клинические задачи (липиды, исследование метаболизма, допинг-контроль, скриниг лекарств и др.), продукты питания и корма (контроль качества, БАД и др.), экология (качество воды, почвы, следовые вещества), косметика (консерванты, красители и др.), промышленное применение (мониторинг производственных процессов и др.).
- Полуавтоматический аппликатор Linomat 5 (CAMAG, Switzerland) используется для точного и воспроизводимого нанесения образца для качественного и количественного ВЭТСХ-анализа, а также для препаративного разделения. Нанесение пробы на поверхность пластины происходит распылением узкими штрих линиями заданной длины; нанесение переменного объема от 0,5 до 5 мкл для количественной ТСХ. Управление аппликатором осуществляется от ПК с программой winCATS и от клавиатуры. Соответствует требованиям GMP/GLP.
- Инновационная автоматическая камера ADC 2 (CAMAG, Switzerland), обеспечивает воспроизводимые унифицированные условия элюирования ВЭТСХ пластин, на которых базируется работа системы ВЭТСХ последнего поколения. Ее конструктивные и функциональные особенности позволяют проводить элюирование пластин в полностью автоматическом режиме. Полученные результаты отличаются максимальной воспроизводимостью и абсолютно не зависят от температуры, влажности, давления и прочих условий окружающей среды. Оператором задаются влажность (Humidity Control), что позволяет контролировать эффективность разделения, а также предварительно устанавливаются – активность и кондиционирование пластины, насыщение камеры, дистанция фронта, время сушки. В работе камеры используются специальные камеры CAMAG Twin Trough, обеспечивающие улучшенное разделение. Возможно использовать два режима управления: автономный, через клавиатуру прибора, и дистанционный, через ПО winCATS.
- Нагреватель TLC Plate Heater 3 (CAMAG, Switzerland) – обеспечивает нагревание пластин (от 25оС до 200оС) до заданной температуры после применения дериватизирующего реагента.
- Спектроденситометр Camag TLC Scanner (CAMAG, Switzerland) оценка хроматограммы и измерение осуществляется в режиме поглощения или флуоресценции, спектральный диапазон от 190 до 900 нм. В спектроденситометре установлена дейтериевая, галоген-вольфрамовая и ртутная лампа высокого давления, которые стартуют после включения аппарата. Высокая скорость сканирования (1-100 мм/с), быстрая запись спектра и автоматический выбор электронного усиления гарантируют точную воспроизводимость результатов. Прибор полностью контролируется за счёт встроенного программного обеспечения, которое контролирует работу аппарата, позволяет устанавливать необходимые режимы измерения и получать достоверные данные в удобном для оператора формате. С помощью устройства можно провести количественный анализ образующихся денситометрических данных. Программное обеспечение visionCATS поддерживает несколько режимов работы, включая обычное сканирование и измерения концентрации каждого компонента.
В анализе используются готовые пластины на стекле Merck для ВЭТСХ: HPTLC plates silica gel 60 F 254 ultra pure for pharmacopoeial methods, HPTLC plates silica gel 60 F 254 GLP.
3.2. Жидкостный хроматограф изократический «Стайер» с компьютерным обеспечением (НПК «Аквилон», Россия)
Хроматограф жидкостный изократический «Стайер» предназначен для качественного и количественного анализа методом ВЭЖХ различных органических соединений в биологических жидкостях и т.д., в частности фосфолипидного состава в тканях гидробионтов в норме и при действии различных факторов среды, как природных, так и техногенного происхождения, а также для проведения исследований механизмов адаптивных реакций живых организмов. Эти системы применяются также для контроля продукции и технологических процессов в фармацевтической, химической, нефтехимической, нефтеперерабатывающей и других отраслях промышленности.
За счет комплектации систем прецизионными насосами высокого давления с широким диапазоном расходов (от 0,005 до 10 мл/мин для аналитической и от 0,04 до 40 мл/мин для препаративной головок), кюветами детекторов различного объема, а также инжекторами Rheodyne (7725i/9725) существует возможность использования этих систем для решения стандартных задач аналитического масштаба, а также задач микромасштабной и полупрепаративной ВЭЖХ.
С помощью хроматографа проводят качественное и количественное определение различных фракций фосфолипидов (фосфатидилхолин, фосфатидилэтаноламин, фосфатидилсерин, фосфатидилинозитол, сфингомиелин, лизофракции); определение концентрации жирорастворимых витаминов.
3.3. Жидкостный хроматограф Маэстро ВЭЖХ (InterLab, Россия)
Высокоэффективный жидкостный хроматограф Маэстро сочетает в себе классические, проверенные временем технологии и новейшие решения в области аналитического приборостроения. Гибкая система модульного типа позволяет оптимальным образом подобрать конфигурацию для решения широкого круга аналитических задач, в том числе в полном соответствии со стандартами GLP, ASTM, ГОСТ.
Диодноматричный детектор позволяет не только с высокой чувствительностью детектировать вещества, обладающие поглощением в УФ- или видимой области спектра, но и проводить их идентификацию по спектрам поглощения.
Мощное, но интуитивно понятное ПО Clarity на русском языке, специальное программное обеспечение для сервисного обслуживания и тонкой настройки прибора, легкий доступ ко всем обслуживаемым элементам делают высокоэффективный жидкостный хроматограф Маэстро простым и удобным в эксплуатации.
С помощью данного хроматографа проводят качественное и количественное определение различных фракций фосфолипидов (фосфатидилхолин, фосфатидилэтаноламин, фосфатидилсерин, фосфатидилинозитол, сфингомиелин, лизофракции); определение концентрации жирорастворимых витаминов.
Некоторые публикации:
1. Fokina N., Storhaug E., Bakhmet I., Maximovich N., Frantzen M., Nahrgang J. Changes in lipid class content in mussels Mytilus spp. from Rakkfjorden in the Norwegian Sea and the Kandalaksha Bay of the White Sea during the reproductive cycle // Polar biology. 2018. Volume 41, Issue 10, pp 2103–2117.
2. Fokina N.N., Ruokolainen T.R., Nemova N.N. The effect of intertidal habitat on seasonal lipid composition changes in blue mussels, Mytilus edulis L., from the White Sea // Polar record. 2018. Volume 54, Issue 2 March 2018, pp. 133-151.
3. Пеккоева С.Н., Мурзина С.А., Нефедова З.А., Руоколайнен Т.Р., Falk-Petersen S., Berge J., Lønne O.J., Немова Н.Н. Роль фосфолипидов в развитии молоди арктическо-бореального вида Leptoclinus maculatus (Stichaeidae) // Вопросы ихтиологии. 2017. T. 57. № 4. C. 467–471.
4. Васильева О.Б. Липиды тканей рыб из акваторий Онежского озера с разной степенью антропогенного загрязнения / О.Б. Васильева, М.А. Назарова, Н.В. Ильмаст, Н.Н. Немова // Труды Карельского научного центра РАН. Серия Экспериментальная биология. № 6. 2018. С. 95-102.
3.4. Газовый хроматограф «Хроматэк Кристалл-5000.2» с автосаплером ДАЖ 2М (14 проб), а также газовый хроматограф «Хроматэк Кристалл-5000.2» с автосаплером ДАЖ 2М 3D (80 проб) и компьютерным обеспечением и программой обработки хроматограмм «Кристалл-Аналитик» (ЗАО СКБ «Хроматэк», Россия).
Комплекс аппаратно-программный для медицинских исследований на базе хроматографа «Хроматэк-Кристалл 5000» предназначен для проведения качественного и количественного анализа жирных кислот общих липидов и их отдельных классов (фосфолипиды, триацилглицерины) в тканях и органах гидробионтов в норме и патологии, а также при действии различных факторов среды, включая антропогенные. Комплекс используется для выяснения роли жирных кислот липидов в биохимических адаптациях гидробионтов, обитающих в условиях высоких и умеренных широт в экологическом и онтогенетическом аспектах.
С помощью газового хроматографа проводят качественный и количественный анализ жирных кислот общих липидов и отдельных классов.
Некоторые публикации:
1. Murzina S.A., Pekkoeva S.N., Kondakova E.A., Nefedova Z.A., Filippova K.A., Nemova N.N., Orlov A.M., Berge J., Falk-Petersen S. Tiny but Fatty: Lipids and Fatty Acids in the Daubed Shanny (Leptoclinus maculatus), a Small Fish in Svalbard Waters // Biomolecules 2020, 10, 368.
2. Pekkoeva S.N., Murzina S.A., Nefedova Z.A., Falk-Petersen S., Berge J., Lonne O.J., Nemova N.N. Fatty acid composition of the postlarval daubed shanny (Leptoclinus maculatus) during the polar night // Polar biology. 2020. https://doi.org/10.1007/s00300-020-02669-4
3. Васильева О.Б. Сезонная динамика состава жирных кислот в тканях радужной форели Parasalmo mykiss (Walbaum, 1792), культивируемой на различных комбикормах / О.Б. Васильева, М.А. Назарова, Н.Н. Немова // Вестник Астраханского государственного технического университета. Серия Рыбное хозяйство. 2018. № 2. С. 104-113.
4. Назарова М.А., О.Б. Васильева, Н.Н. Немова. Анализ жирнокислотного состава комбикормов для радужной форели // Комбикорма. 2019. № 10. С. 48–50.
5. Мурзина С.А., Нефедова З.А., Пеккоева С.Н., Веселов А.Е., Барышев И.А., Немова Н.Н. Содержание жирных кислот в кормовых объектах молоди лососевых рыб из рек бассейна Онежского озера // Биология внутренних вод. 2019. № 1. С. 65-72.
6. Пеккоева С.Н., Мурзина С.А., Нефедова З.А., Falk-Petersen S., Berge J., Lonne O.L., Немова Н.Н. Жирнокислотный состав структурных и энергетических липидов мышц молоди люмпена пятнистого Leptoclinus maculatus (Fries, 1838) из Конгсфьорда (арх. Шпицберген) // Журнал эволюционной биохимии и физиологии. 2019. Т. 55. № 2. С. 97-103.
7. Нефедова З.А., Мурзина С.А., Пеккоева С.Н., Немова Н.Н. Сравнительная характеристика жирно-кислотного профиля смолтов кумжи Salmo trutta L. и атлантического лосося Salmo salar L. в период смолтификации (река Индера, бассейн Белого моря) // Известия РАН. Серия биологическая. 2018. № 2. С. 144-149.
3.5. Хроматограф газовый Agilent 7890A (Agilent Tech., США) с автоматическим пробоотборником на 16 проб с лицензионной газохроматографической русифицированной станцией и русифицированным программным обеспечением для Agilent 7890A.
Жидкостный градиентный хроматограф предназначен для точного разделения и идентификации анализируемых различных сложных органических смесей природного происхождения, - например состава жирных кислот, желчных кислот, смоляных кислот; различных липидов, в том числе холестерина, и т.п.
Некоторые публикации:
1. Fokina N.N., Vasil’eva O.B., Ruokolainen T.R., Nemova N.N. Changes in lipid composition and lipid peroxidation products content in the freshwater mussel Anodonta cygnea L. under cadmium effect // Limnology and Freshwater Biology. 2019. Vol. 5. P. 286–296.
2.Fokina, N., Ruokolainen, T., & Bakhmet, I. (2018). Lipid profiles in Himasthla elongata and their intermediate hosts, Littorina littorea and Mytilus edulis // Molecular and biochemical parasitology. 2018. Volume 225, Pages 4-6. doi: 10.1016/j.molbiopara.2018.08.006
В данном разделе работ (п. 3) используются также следующее оборудование общего назначения:
- Лабораторный ротационный испаритель Hei-VAP Advantage МL/G3 (Heidolph, Germany);
- Лабораторный ротационный испаритель Hei-VAP Core МL/G3 (Heidolph, Germany);
- Роторный испаритель RE 52AA (ООО Шеньси НЕВ, Китай);
- Шейкер для пробирок типа эппендорф, микропробирок и колб Reax control (Heidolph, Germany);
- Центрифуга Liston C2201 (Liston, Россия).
4. Комплекс оборудования для гистологического и гистохимического анализа.
4.1. Автомат карусельного типа для гистологической обработки тканей STP-120 (Thermo Scientific, USA)
При помощи автомата для гистологической обработки ткани SТP 120 осуществляется сразу несколько этапов в технологической цепочке подготовки гистологического препарата для последующего микроскопического исследования морфологии живых тканей. На этом приборе можно получать препараты высокого качества, в которых максимально сохранена структура тканей. Конструкция автомата обеспечивает: фиксацию материала при помощи формалина; обезвоживание ткани путем последовательной обработки ее спиртами восходящей концентрации и просветление ксилолом; первичную пропитку обезвоженной ткани парафином в специальных подогреваемых парафиновых ваннах. Автомат обладает некоторыми уникальными особенностями, которые выгодно отличают его от аналогов других производителей. Так «ноу-хау» заложено в принципе движения корзины в автомате. Она совершает не только традиционное движение «вверх-вниз», но и непрерывное вращательное движение, что значительно обеспечивает улучшенное качество обработки материала. Решена одна из основных проблем гистологической обработки тканей - контаминация реагентов, приводящая к их загрязнению и изменению концентрации. Свести этот процесс к минимуму помогает функция, заложенная в автомат SТP 120 и отсутствующая в аналогичных приборах других производителей. Для того, чтобы максимально избавиться от остатков жидкости, перед переносом образцов в следующую станцию для реагентов, корзина вращается с ними в воздухе попеременно в разных направлениях.
4.2. Заливочная станция EC-350 (Thermo Scientific, USA)
Станция для заливки парафином ЕС 350 позволяет максимально упростить и ускорить процесс формирования парафинового блока с исследуемым материалом. Заливочная станция для изготовления парафиновых блоков, состоит из двух блоков: станции заливки парафином (или гисторезиной) ЕС 350-1 и охлаждающей платы ЕС 350-2.
Термоконсоль с дозатором EC 350-1 - отделение с автономным контролем температуры, резервуар для парафина, подогрев рабочей поверхности, подогреваемые ячейки для щипцов. Охлаждающая консоль EC 350-2 - поверхность для охлаждения парафиновых блоков, температура на которой может регулироваться в диапазоне от -5 до +7°С
4.3. Санный микротом HM 450 (Thermo Scientific, USA)
Резку парафиновых блоков осуществляют на полностью моторизованном санном микротоме с автоматической установкой ретракции, цифровым дисплеем, с установкой одноразовых ножей, которые дают возможность изготовлять срезы толщиной от 1 до 100 мкм.
4.4. Световой микроскоп Olympus CX41 (Olympus, Japan) с цифровой цветной 5-мегапиксельной видеокамерой SC50 (Olympus, Japan)
Отдельный этап работы с гистологическим материалом — это получение микроснимков анализируемых препаратов, изучение размерных показателей и математических отношений объекта исследования, статистическая обработка данных. Для выполнения этой задачи нами был используется компьютерный аналитический комплекс, в состав которого входят: микроскоп с окуляром (увеличение × 10) и объективами, увеличивающими в 5; 10; 20; 40; 100 раз; цифровая видеокамера; персональный компьютер, программа для управления и получения цифровых фотографий CellSens Entry, программы обработки цифрового изображения CellSens Entry, ВидеоТест-Морфология 5.2. и ImageJ. Эти программы представляют собой современный удобный инструмент для получения, обработки и анализа изображений.
4.5. Микроскоп стереоскопический Stemi 508doc для лабораторных исследований с принадлежностями (Carl Zeiss Microscopy GmbH, Germany)
Представляет собой стереомикроскоп с апохроматической оптикой по схеме Грену; коэффициент zoom 8:1 (диапазон zoom системы 0.63x ... 5x); общее увеличение в данной комплектации: 6.3x ... 50x с плавной сменой увеличений; угол наклона окулярных трубок 35 ̊; видеовыход; рабочее расстояние 92мм; окуляры 10х с линейным полем 23мм с наглазниками с диоптрийной настройкой; штатив К LAB: основание 310х200х90мм, колонна 250мм, встроенный светодиодный осветитель с вращаемым и перемещаемым зеркалом для создания косого освещения в проходящем свете; осветитель падающего света Double Spot.
Некоторые публикации:
1. Sokolov S.G., Lebedeva D.I., Murzina S.A., Parshukov A.N., Bystrova K.A., Ieshko E.P. Morphology and phylogeny of Henneguya oviperda infecting oocytes of Esox lucius, with description of parasite-induced histopathology // Diseases of Aquatic Organisms. 2019. Vol. 133. N 2. С. 91–98.
2. Мурзина С.А., Иешко Е.П., Зотин А.А. Пресноводная жемчужница Margaritifera margaritifera L.: метаморфоз, рост и динамика развития инцистированных глохидиев // Известия РАН. Серия биологическая. 2017. № 1. С. 10-18.
3. Ieshko E.P., Murzina S.A., Veselov A.E., Lebedeva D.I., Geist J., Ziuganov V.V. The characteristics of the infection of juvenile Atlantic salmon with glochidia of the freshwater pearl mussel in rivers of Northwest Russia // KMAE. 2016. № 417, 6. DOI
https://doi.org/10.1051/kmae/2015039
4. Churova M.V., Murzina S.A., Meschcheryakova O.V., Nemova N.N. Metabolic enzymes activity and histomorphology in the liver of whitefish (Coregonus lavaretus L.) and pike (Esox lucius L.) inhabiting a mineral contaminated lake // Environmental Science and Pollution Research. 2014. Vol. 21(23). P. 13342-13352.
5. Nahrgang J., Varpe Ø., Korshunova E., Murzina S., Hallanger I.G., Vieweg I., Berge J. (2014) Gender Specific Reproductive Strategies of an Arctic Key Species (Boreogadus saida) and Implications of Climate Change. PLoS ONE 9(5): e98452.
5. ПЦР-кабинет в составе лаборатории
Кабинет зонирован и оснащен необходимым современным оборудованием для последовательного и качественного выполнения этапов ПЦР-анализа и диагностики.
- Участок (зона) для выделения ДНК, кДНК и РНК
5.1. Бокс микробиологической безопасности БМБ-II-"Ламинар-С.»-1,2 Neoteric (Ламинарные системы, Россия)
Бокс биологической безопасности класса II типа А2 предназначен для защиты продукта, оператора и окружающей среды.
Бокс предназначен для физической изоляции патогенных биологических агентов и микроорганизмов с целью предотвращения возможности заражения воздушно-капельным путём персонала и контаминации воздуха рабочего помещения и окружающей среды, а также для защиты рабочих агентов внутри рабочей зоны от внешней и перекрестной контаминации.
5.2. Бокс абактериальной воздушной среды для работы с ДНК-пробами при проведении ПЦР-диагностики БАВ-ПЦР-"Ламинар-С" (Ламинарные системы, Россия)
Бокс абактериальной воздушной среды (ПЦР-бокс) предназначен для чистой работы с ДНК-пробами при проведении ПЦР-генодиагностики. Обеспечивает защиту рабочего места от внешнего загрязнения. Принцип действия основан на создании абактериальной рабочей среды внутри бокса под воздействием жесткого УФ-облучения на внутреннее пространство и поверхности бокса.
5.3. Бактерицидный рецикруляр BioSan UVR-M (Biosan, Латвия)
Обеспечивает дезинфекцию воздуха при помощи УФ (УФ-лампа 25 Вт; продуктивность 14 м3/час).
- Приборы для первичной обработки и пробоподготовки биоматериала (выделение РНК, проведение обратной транскрипции)
5.4. Центрифуга лабораторная Eppendorf 5424R с охлаждением (Eppendorf, Germany)
Многоцелевая универсальная микроцентрифуга с функцией охлаждения со стандартным угловым ротором FА-45-24-11 для 24 пробирок объемом 1,5/2 мл вместе с герметично закрывающейся крышкой для аэрозоленепроницаемого центрифугирования. Для центрифуги доступны роторы других форматов. Плавная регулировка ускорения до 21130 g. Таймер от 30 сек до постоянного режима работы. Регуляция температуры в пределах -10 до 40°C.
5.5. Микроцентрифуга-вортекс "Микроспин" FV-2400, 2800 об/мин (Biosan, Latvia)
Разработана специально для генно-инженерных исследований (для ПЦР-диагностики), обеспечивает возможность одновременного перемешивания и сброса образцов, используя модули центрифугирования и перемешивания, выполненные единым блоком. Является центрифугой «открытого типа» (без крышки), что повышает скорость проведения операций центрифугирования и ресуспендирования.
5.6.Система водоочистительная лабораторная Simplicity (Merck Millipore, France)
Система очистки воды Simplicity производит сверхчистую воду I типа c удельным сопротивлением до 18,2 МОм/см из предварительно очищенной воды (дистиллированной, деионизованной или обратноосмотической).
5.7. Мульти-вортекс V-32 с (Biosan, Latvia)
Мульти-вортекс предназначен для интенсивного перемешивания, позволяет перемешивать одновременно до 32 пробирок. Вортекс может использоваться при проведении различных операций с ДНК — депротеинизации комплексов ДНК/белок, очистке низкомолекулярных фрагментов ДНК/РНК при проведении ПЦР–диагностики. В комплекте с прибором поставляется 32-х местная универсальная платформа для пробирок типа Эппендорф (1,5 × 0,5 × 0,2 мл–16 × 8 × 8 гнезд) и платформа PL-1 для перемешивания одной пробирки объемом до 50 мл. Прибор используется в биотехнологических и биомедицинских лабораториях.
5.8. Термостат твердотельный с таймером ТТ-2 "Термит” (ДНК-технологии, Россия)
Термостат «Термит» представляет собой твердотельный термостат для научных и клинико-диагностических исследований. Рассчитан на использование пробирок типа Эппендорф объемом 1,5 и 0,5 мл. Используется для проведение процедуры обратной транскрипции.
5.9. Термостат твердотельный программируемый малогабаритный ТТ-1-"ДНК-Техн." 'Гном’ (ДНК-технологии, Россия)
Программируемый твердотельный термостат для научных и клинико-диагностических исследований. Рассчитан на использование пробирок типа «Эппендорф» объемом 1,5 и 0,5 мл. Термостат «Гном» особенно удобен в случае применения методик, состоящих из нескольких этапов с различными температурами инкубации, а также для прогрева пробирок при высоких температурах. Наличие термоизолирующей прижимной крышки повышает равномерность распределения температуры по блоку, предотвращает открытие крышек пробирок при высоких температурах и уменьшает конденсирование реакционной смеси на крышках пробирок. Используется для проведения процедуры обратной транскрипции
5.10. Спектрофотометр NanоPhotometr C40-touch (Implen, Germany)
Спектрофотометр для анализа образцов в стандартных кюветах. Диапазон длин волн 200 – 900 нм.
Используется для количественного определения концентрации нуклеиновых кислот.
- Участок (зона) для проведения ПЦР в режиме реального времени.
5.11. Амплификатор в реальном времени CFX96 Touch с термоблоком 96х0,2 мл, 6-ю каналами детекции и температурным градиентом (Bio-Rad, USA)
Прибор для проведения ПЦР с возможностью регистрации продуктов реакции в режиме реального времени.
Решаемые задачи:
• ПЦР в реальном времени (до 5 красителей в одной пробирке);
• ПЦР с анализом по конечной точке;
• ПЦР без анализа результатов;
• Подбор оптимальной температуры проведения ПЦР
Амплификатор CFX96 Touch зарегистрирован на территории Российской Федерации и внесен в Государственный реестр изделий медицинского назначения и медицинской техники, а также в Государственный реестр средств измерений.
Некоторые публикации:
1. Churova M., Shulgina N., Kuritsyn A., Krupnova M., Nemova N. Muscle-specific gene expression and metabolic enzyme activities in Atlantic salmon Salmo salar L. fry reared under different photoperiod regimes // Comparative Biochemistry and Physiology Part B: Biochemistry and Molecular Biology. 2019. P. 110330. doi: 10.1016/j.cbpb.2019.110330
2. Churova M.V., O.V. Meshcheryakova, M. Ruchev, N. N. Nemova. Age- and stage-dependent variations of muscle-specific gene expression in brown trout Salmo trutta L // Comparative Biochemistry and Physiology- Part B: Biochemistry and Molecular Biology. 2017. Vol. 221. P. 16-21. doi: 10.1016/j.cbpb.2017.04.001
3. Churova M.V., Olga V. Meshcheryakova, Aleksey E. Veselov, Denis Efremov, Nina N. Nemova. Activity of metabolic enzymes and muscle-specific gene expression in parr and smolts Atlantic salmon Salmo Salar L. of different age groups // Fish Physiology and Biochemistry. 2017. Vol. 43. Iss. 4. P. 1117–1130.
6. Аквариальный комплекс лаборатории экологической биохимии для постановки и проведения аквариального научного эксперимента в температурном режиме от 8-10 0С и выше (преимущественно пресноводная система):
Аквариумные комплексы, состоящие из 8-ми обособленных аквариумов/бассейнов, объемом 250 л, охладительных установок Hailea HC 250A (Китай), внешних аквариумных фильтров Hopar UVF 3328 и HF 3323 (Китай), аквариумных помп LifeTech AP 1600F (Китай), аэраторов SeraPercisionair 550 R plus (Германия).
7. Полевое снаряжение: рН-метры, иономеры, рефрактометры, электронные весы, автоматические пипетки, термостаты, шейкеры, сосуды Дьюара: СДСТ-35, IC 20 RX, IC 12RX6, а также В 2026 (Франция), универсальный комплект микроволновой и фотолизной пробоподготовки, оборудование для лова рыбы, гребные и моторные лодки, полевое снаряжение, фотоаппараты, навигаторы, эхолоты и др. Полевая группа лаборатории полностью экипирована сертифицированной одеждой и обувью.
Сотрудники имеют возможность работать как на основном оборудовании лаборатории, так и использовать для решения научных задач оборудование Центра коллективного пользования Карельского научного центра РАН (ЦКП КарН РАН).
