Практическая школа проводилась на базе медицинского факультета Университета Сплита (Medical Faculty of the University of Split) в Хорватии в период с 8 по 12 января 2017 года.
В состав организационного комитета входили:
• Янош Терзич (Janoš Terzić), Университет Сплита, Хорватия;
• Борис Мацек (Boris Macek), Протеомный центр Тюбенгена, Германия (Proteome Center Tuebingen, Germany);
• Ясна Петер-Каталиник (Jasna Peter-Katalinic), Университет Риека (University of Rijeka), Отдел биотехнологии, Хорватия;
• Карл Мейхтлер (Karl Mechtler), Исследовательский институт молекулярной патологии (Research Institute of Molecular Pathology (IMP)), Австрия.
Первая практическая школа EuPA по протеомике была организована для молодых ученых, применяющих в своих исследованиях масс-спектрометрические методы, а так же для тех, кто заинтересован в обучении и предполагает использовать данные методы.
Для участия в школе было выбрано 30 молодых исследователей (PhD fellows and postdocs) из разны стран и работающих в областях биологии и биомедицины.
Программа школы была крайне интересной и насыщенной: каждый день были организованы различные виды лекций – пленарные, обучающие (didactic lecture) и исследовательские лекции (research lecture), практические занятия и работа участников школы в группах над решением поставленной перед ними проблемы в области протеомики. Так же была организована постерная сессия, а некоторые участники выступили с короткими докладами (participant talks).
В школе приняла участие Альбина Кочнева аспирант КарНЦ РАН Института биологии, лаборатория экологической биохимии, а также член Российского протеомного общества (RHUPO). Альбина принимала участие в постерной сессии с докладом по изучению спектра растворимых белков у цестод рода Triaenophorus на разных стадиях жизненного цикла, а так же на стадии плероцеркоида из различных промежуточных хозяев.Школа началась с учебного дня, в рамках которого были проведены две пленарные лекции. Первую лекцию вел Андреа Урбани, профессор Университета Рима, отделения медицины внутренних органов (Италия), Президент исполнительного комитета Европейского протеомного общества (EuPA). В данном докладе были освещены основные аспекты и вопросы в области применения методов протеомики в клинической практике, и в медицине, в общем. Вторая пленарная лекция была проведена Ясером В. Олсеном (Jesper Velgaard Olsen) руководителем Центрального фонда исследования белков (Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research)/ Университета Копенгагена (Дания) на тему комплексного анализа протеомов и фосфопротеомов клеток для выявления сигнальных путей и молекулярных механизмов, протекающих в клетках человека. В завершении первого дня был организован приветственный праздничный вечер для участников школы (welcome mix).
Во второй день первые две лекции были посвящены основным видам посттрансляционных модификаций белков, способам их изучения методами протеомики и анализу получаемых результатов. Также в рамках данных лекций участников познакомили с видами взаимодействий белков между собой, с ДНК, РНК, липидами, изучением которых занимается направление протеомики - Interaction Proteomics. Лекцию вел Михаэль Л. Ниелсен (Michael L. Nielse), профессор Университета Копенгагена, сотрудник Центрального фонда исследования белков (Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research)/ (Дания). Далее были проведены две обучающие лекции, которые вел Кристиан Д. Кельстрап (Christian D. Kelstrup) доцент Центрального фонда исследования белков (Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research)/ Университета Копенгагена (Дания). На этих двух лекция были описаны два главных подхода в протеомике, существующие на данный момент, перечислены и даны характеристики каждого этапа проведения протеомного анализа, разобраны основные методы масс-спектрометрии и особенности их применения. Во второй половине дня было организовано практическое занятие, проводимое представителями компании ChromoTek. На занятии участники школы познакомились с одним из методов выделения белка - методом иммунопреципитации. Данный метод позволяет выделять белок и сложных смесей с помощью специфичных к белку антител. В завершение второго рабочего дня была проведена постерная сессия.
В третий день школы было проведено три обучающие лекции. Первую лекцию вела Ясна Петер-Каталиник профессор Университета Риека, Отдел биотехнологии (Хорватия), первый президент Хорватского протеомного общества (CroProt). Лекция была посвящена гликомике, в рамках которой были раскрыты такие вопросы как, виды и особенности углеводов, взаимодействие их с белками, роль углеводов в клетке. Следующая лекция была представлена Сергеем Вакрушевым доцентом Университета Копенгагена, отделение клеточной и молекулярной медицины (Дания) по гликопротеомике. Гликопротеомика - это раздел протеомики, изучающий белки, содержащие углеводы в составе в виде пострансляционных модификаций. В лекции были раскрыты общие вопросы гликопротеомики, способы пробоподготовки для анализа гликопротеоинов, исследование гликопротеонов методом масс-спектрометрии. Такжев третий день были представлены лекции по протеомике бактерий и метапротеомике Борисом Мацеком (Boris Macek) из Протеомного центра Тюбенгена (Германия) (Proteome Center Tuebingen, Germany), и по протеомике растений Карлом Мейхтлером (Karl Mechtler) из Исследовательского института молекулярной патологии (Research Institute of Molecular Pathology (IMP) (Вена, Австрия). В завершении третьего дня для участников школы была организована экскурсия по центру города Сплит, и по главной его достопримечательности - Дворец Диоклетиана, который считается наиболее сохранившимся дворцом периода Римской империи.Лекции и практическое занятие четвертого дня были посвящены вопросам вычислительной протеомики и анализу масс-спектрометрических данных. Профессор Йорген Кокс (Jürgen Cox) из Института биохимии Макс Планка (Max Planck Institute for Biochemistry, Германия) представил две лекции по вычислительной протеомике. Один из докладов знакомит об особенностях анализа масс-спектрометрических данных в программах MaxQuant и Perseus. Статистический анализа масс-спектрометрических данных в своем докладе осветил Леннарт Мартенс (Lennart Martens), Гентского университета (Бельгия). Отдельное место в анализе данных занимает выяснение молекулярных взаимодействий (в том числе белковых) и биологических путей. Так для визуализации таких данных существует биоинформатическая платформа Cytoscape, с которой молодых ученых познакомил Пабло П. Миллан (Pablo Porras Millan) куратор научной базы данных европейской лаборатории молекулярной биологии европейского института биоинформатики (The European Bioinformatics Institute European, Molecular Biology Laboratory - EMBL-EBL)(Кембридж, Великобритания). На практическом занятии участники школы работали в программах для анализа данных: MaxQuant, Perseus и Cytoscape.
В последний день школы был проведен ряд лекции, одна из которых была представлена Сергеем Вакрушевым на тему использования ДНК-ножниц с целью упрощения изучения гликопроетомики. Профессор Кэтрин Лиллей (Kathryn Lilley) Кембриджского университета, Кембриджский центр протеомики (University of Cambridge, Cambridge Centre for Proteomics) (Кембридж, Великобритания) представила два доклада. Первый был посвящен основным подходам количественной протеомики, второй – методам изучения пространственного расположения протеома в клетках. Темой практического занятия было – высокоэффективная жидкостная хроматография (HPLC - High-performance liquid chromatography). Занятие проводил Кристофер Пин (Cristopher Pynn) специалист по хроматографическим методам компании Thermo. На занятии участники познакомились с устройством системы и особенностями жидкостного хроматографа . В завершении дня был организован прощальный вечер.Участники школы располагали возможностью получить пакет программ, с которыми работали на школе, и руководство к ним для самостоятельной работы и освоения.
Результатом работы в школе стало приобретение навыков по пробоподготовке и анализу масс-спектрометрических данных.
По окончанию школы Кочневой А. был выдан сертификат, подтверждающий участие в практической школе по протеомике.
Сайт практической школы по протеомике: https://www.proteomics-academy.org/practical-proteomics-school
